W Zakładzie Hydrologii i Hydrodynamiki prowadzone są badania nad modelowaniem przepływów rzecznych, rumowiska rzecznego, transportu zanieczyszczeń, ekstremalnych zjawisk hydrologicznych, jak powodzie i susze. Prowadzone są również projekcje procesów hydrologicznych w warunkach zmieniającego się klimatu.

Kierownikiem Zakładu Hydrologii i Hydrodynamiki jest prof. dr hab. Paweł Rowiński