W Zakładzie Hydrologii i Hydrodynamiki prowadzone są badania nad modelowaniem przepływów rzecznych, rumowiska rzecznego, transportu zanieczyszczeń, ekstremalnych zjawisk hydrologicznych, jak powodzie i susze. Prowadzone są również projekcje procesów hydrologicznych w warunkach zmieniającego się klimatu.

Kierownikiem Zakładu Hydrologii i Hydrodynamiki jest prof. dr inż. hab. Jarosław Napiórkowski.   

Zakład liczy 15 pracowników naukowych oraz 2 doktorantów.