Wzrastające zainteresowanie obszarami polarnymi w Polsce doprowadziło do powołania w listopadzie 1977 roku Samodzielnej Pracowni Geofizycznych Badań Polarnych i Morskich, której tematyka badawcza koncentrowała się na:
Pracownia ta w roku 1979 została przekształcona w Zakład Badań Polarnych i Morskich, w którym funkcjonowały trzy pracownie
Badania prowadzono w oparciu o Polską Stację Polarną Hornsund na Spitsbergenie i Stację im. Antoniego Bolesława Dobrowolskiego w Antarktyce.
W wyniku przeprowadzonej w 2010 roku reorganizacji struktury Instytutu Geofizyki PAN zmieniono nazwę zakładu oraz zniesiono podział na pracownie.
Obecnie Zakład funkcjonuje pod nazwą Zakład Badań Polarnych.
Z zakładu wyodrębniony został Dział Logistyki, który przejął realizację zadań związanych z przygotowaniem wypraw oraz obsługą logistyczną Polskiej Stacji Polarnej na Spitsbergenie.
Pomimo zmian organizacyjnych nie zmienił się zakres zagadnień, którymi zajmują się pracownicy Zakładu.
Nieprzerwanie od 2006 roku w Zakładzie prowadzone są dwa tematy badawcze:
Prowadzone prace koncentrują się wokół zagadnień glacjologicznych, zmian dynamiki procesów środowiskowych w strefach polarnych w dobie zmieniającego się klimatu oraz transgranicznego transportu zanieczyszczeń i ich obiegu w kriosferze.
Drugą grupę tematyczną stanowią prace sedymentologiczne prowadzone w basenach odsłanianych przez ustępujące lodowce i na ich przedpolach. Badania te prowadzone są również w kraju na jeziorach w celu wyjaśnienia genezy ich powstawania oraz na zbiornikach zaporowych dla określenia ich funkcjonalności w przypadku wystąpienia zjawisk i sytuacji ekstremalnych.
Zakład odpowiada również za funkcjonowanie Polskiej Stacji Polarnej Hornsund na Spitsbergenie oraz sprawuje merytoryczny nadzór nad realizowanymi w niej interdyscyplinarnymi programami naukowymi.